Mise à jour le 23 mai 2025

Lorsqu’un problème de santé vous éloigne de votre travail sur une longue durée, vous pensez sans doute à votre quotidien, à vos soins, à votre salaire… mais qu’en est-il de votre retraite ? PRÉVOIR vous éclaire pour faire le point.

Qu’est-ce qu’un arrêt maladie longue durée ?

Un arrêt maladie peut parfois durer plus longtemps que prévu et c’est dans ce cas précis que l’on entre dans ce que l’on appelle « un arrêt de travail longue durée ». Si le terme est couramment utilisé, il recouvre en réalité plusieurs situations qui varient selon la gravité de l’affection, la durée de l’arrêt ou le statut professionnel de la personne concernée.

Comment un arrêt de travail est qualifié de longue durée ?

Un arrêt maladie est qualifié de « longue durée » sur la base de critères médicaux précis et pas seulement sur le nombre de jours d’inactivité. Il devient long lorsqu’il se prolonge au-delà d’un certain seuil, souvent fixé à six mois consécutifs¹.

La Sécurité sociale peut reconnaître le caractère longue durée d’un arrêt dans le cadre d’une Affection de Longue Durée (ALD). Une ALD est une maladie grave ou chronique comme le diabète, un cancer ou une sclérose en plaque par exemple, nécessitant un suivi médical prolongé et des soins coûteux. Ces affections ouvrent souvent droit à une prise en charge à 100 % des soins par la Sécurité sociale dans le cadre du régime général, et quand la pathologie est reconnue.

La reconnaissance d’une ALD permet aussi de prolonger le versement des indemnités journalières par la Sécurité sociale jusqu’à trois ans. Cette reconnaissance se fait à la demande du médecin traitant, via un protocole de soins validé par le médecin-conseil de l’Assurance maladie².

Le saviez-vous ? Être en arrêt de longue durée ne signifie pas nécessairement être en ALD. Certains arrêts prolongés ne relèvent pas d’une affection reconnue, mais sont néanmoins indemnisés, sous réserve des délais et conditions.

ALD, CLM, CLD : quelles différences selon votre statut ?

Il est important de distinguer les dispositifs existants dans le secteur privé ou la fonction publique car la gestion d’un arrêt longue durée ne relève pas des mêmes règles.

Pour les salariés du privé, c’est le régime général de la Sécurité sociale qui s’applique. En cas de maladie, il est possible de bénéficier d’indemnités journalières versées après un délai de carence de trois jours, à condition d’avoir travaillé un certain nombre d’heures. Certains salariés peuvent aussi bénéficier d’un complément de salaire versé par leur employeur ou par leur contrat de prévoyance collectif.

Les fonctionnaires titulaires, eux, relèvent d’un autre régime. Ils peuvent bénéficier de deux dispositifs spécifiques en cas de maladie longue : le Congé de Longue Maladie (CLM), accordé pour une durée maximale de trois ans, avec maintien du traitement pendant un an, puis demi-traitement les deux années suivantes³. Le Congé de Longue Durée (CLD) est réservé à certaines maladies graves pour une durée maximale de cinq ans, avec un traitement maintenu à taux plein pendant trois ans. Ces congés doivent être validés par un comité médical après expertise.

Pour les salariés du privé, l’arrêt maladie prolongé s’inscrit principalement dans le cadre de l’ALD, qui concerne des affections graves. Ce dispositif offre une prise en charge totale des frais liés à la maladie et prolonge l’indemnisation pendant une période maximale de trois ans⁴.

Un arrêt de longue durée… quels impacts sur votre vie professionnelle ?

Un arrêt maladie longue durée ne se limite pas seulement à des épisodes de soins ; il bouleverse profondément tant la vie personnelle que professionnelle. Cette période de suspension d’activité professionnelle peut avoir des conséquences directes sur votre position dans l’entreprise.

Dans le secteur privé, l’employeur n’a pas le droit de licencier un salarié en arrêt maladie pour le seul motif de son absence, sauf cas particuliers, mais il peut réorganiser les équipes ou confier le poste à un remplaçant. Au retour du salarié, un entretien de reprise est obligatoire si l’arrêt a duré plus de 30 jours, et il peut être accompagné d’un bilan avec le médecin du travail pour envisager un aménagement du poste ou un temps partiel thérapeutique, si la reprise complète est difficile⁵.

Dans la fonction publique, les droits à avancement ou à mutation peuvent être affectés par la durée de l’arrêt. Un retour peut nécessiter une reprise à temps partiel ou une réaffectation dans un autre service, selon les conclusions du médecin agréé.

D’autre part, l’arrêt peut avoir un impact psychologique et professionnel fort. L’éloignement du travail entraîne souvent un isolement social, une perte de repères, voire une remise en doute de tout son projet professionnel. Dans certains cas, une inaptitude médicale est déclarée, et la personne concernée doit être reclassée ou orientée vers l’invalidité, avec les conséquences que cela implique sur le revenu et les droits à la retraite.

Bon à savoir : pendant l’arrêt, le contrat de travail est juridiquement suspendu : vous ne travaillez pas, mais conservez votre statut de salarié ou d’agent public.

Retraite et arrêt longue durée : quelles conséquences ?

Un arrêt maladie de longue durée n’est pas sans conséquences sur votre future retraite. Si certains droits sont préservés, d’autres peuvent être impactés, notamment sur le montant de votre pension de retraite.

Droits à la retraite : peut-on valider des trimestres sans travailler ?

Il est possible de valider des trimestres de retraite même pendant un arrêt maladie, à condition de percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale. Ces indemnités sont considérées comme un revenu de remplacement et ouvrent droit à la validation de trimestres au régime général.

Bon à savoir : un trimestre est validé dès lors que vous avez perçu un montant minimal d’indemnités, fixé chaque année. En 2025, ce seuil est fixé à 1 782 € bruts par trimestre⁶. Vous pouvez ainsi valider jusqu’à 4 trimestres par an, même si vous êtes absent du travail pendant l’année entière.

A noter : il s’agit de trimestres validés pour l’ouverture du droit à la retraite, pas de trimestres cotisés, qui eux, dépendent de la rémunération versée et influent davantage sur le calcul du montant de votre pension.

Les arrêts liés à des affections longue durée ou dans le cadre d’un temps partiel thérapeutique peuvent également permettre de continuer à valider des trimestres, dans les mêmes conditions. Les agents publics en congé de longue maladie (CLM) ou longue durée (CLD), eux, conservent l’intégralité de leurs droits à la retraite tant que leur traitement est maintenu.

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Des cotisations absentes… et une pension parfois diminuée

Même si des trimestres peuvent être validés pendant un arrêt, les périodes non travaillées ont un impact sur le montant de la retraite. Cela s’explique par le fait que la pension de base soit calculée sur les 25 meilleures années de salaires (pour les salariés du privé) et ces années ne tiennent pas compte des indemnités journalières perçues pendant un arrêt maladie.

En effet, les indemnités versées par la Sécurité sociale ne sont pas soumises à cotisation vieillesse, sauf exceptions : temps partiel thérapeutique, conventions collectives etc.

Si vous validez des trimestres grâce à l’indemnisation maladie, cela ne signifie pas forcément que vous cotisez pour la retraite. En réalité, pendant un arrêt maladie, vous ne cotisez pas pour votre retraite de base. L’Assurance Maladie vous verse des indemnités journalières, mais celles-ci ne donnent pas lieu à des cotisations vieillesse comme un salaire le ferait. Vous validez des trimestres pour le calcul de la durée d’assurance, mais vous ne contribuez pas à augmenter le montant de votre pension.

Le montant de votre pension repose, pour les salariés du privé, sur la moyenne des 25 meilleures années de salaire. Si certaines années sont marquées par des absences longues et non cotisées, elles risquent d’être moins avantageuses et, dans certains cas, de figurer dans ce calcul, surtout si vous avez eu une carrière incomplète ou hachée. Cela peut faire baisser votre retraite finale, même si vous avez validé le bon nombre de trimestres pour partir à taux plein.

Côté fonction publique, c’est un peu différent : les droits à la retraite sont calculés sur les six derniers mois de traitement indiciaire, à condition que la personne soit toujours en activité. En cas de congés longue maladie (CLM) ou longue durée (CLD), le traitement est maintenu partiellement, mais là encore, seuls les montants réellement perçus sont pris en compte.

Le saviez-vous ? Un arrêt prolongé peut réduire la base de calcul si vous êtes proche du départ à la retraite. D’où l’importance d’anticiper ces périodes et de vérifier leur impact réel, notamment via votre relevé de carrière.

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Retraite complémentaire : qu’en est-il de vos droits en cas d’arrêt long ?

Pendant un arrêt maladie prolongé, la retraite complémentaire peut continuer à être alimentée, cela dépendra du statut du salarié et des accords en vigueur.

Dans le secteur privé, la retraite complémentaire est gérée par l’Agir-Arrco. En cas d’arrêt maladie indemnisé par la Sécurité sociale, vous continuez à acquérir des points de retraite complémentaire, sous conditions.

En effet, l’Agir-Arcco, attribue des points dits de « solidarité » lorsque vous êtes en arrêt maladie, invalidité ou chômage. Le nombre de points dépend du montant des indemnités perçues, et ces points ne nécessitent pas de cotisations à verser⁷.

Toujours selon les règles de l’Agir-Arcco, vous devez avoir perçu au moins 60 jours d’indemnités journalières sur l’année pour que les points soient automatiquement calculés. Cela garantit une continuité de vos droits, même en cas d’absence prolongée⁸.

Dans la fonction publique, c’est la RAFP (Retraite Additionnelle de la Fonction Publique) qui gère la retraite complémentaire. Les droits dépendent du salaire et des primes perçues. En cas de CLM ou de CLD, le traitement peut être réduit, et donc la part cotisée au RAFP également. Cependant, tant que l’agent salarié reste en activité, même suspendue, ses droits sont réduits mais continuent de s’accumuler⁹. Ces points sont calculés à partir d’une assiette fictive, et non sur la base du salaire réel, ce qui peut mécaniquement réduire leur volume.

Préparer sa retraite après un arrêt long

Après une longue période d’arrêt, il est parfois difficile de reprendre sa vie professionnelle. C’est dans ces moments qu’il est important de faire le point sur sa situation, notamment en matière de retraite.

Faire le point sur sa carrière professionnelle

Il est possible de valider des trimestres de retraite même pendant un arrêt maladie, à condition de percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale. Ces indemnités sont considérées comme un revenu de remplacement et ouvrent droit à la validation de trimestres au régime général.

Lorsque l’on a connu une ou plusieurs périodes d’arrêt longue durée, il est essentiel de vérifier que tous les trimestres validés, les périodes indemnisées et les points de retraite complémentaire ont été pris en compte dans nos relevés.

Le document à consulter en priorité est le relevé de carrière (ou RIS, Relevé Individuel de Situation). Il est accessible à tout moment via le portail de l’Assurance Retraite et vous permettra de voir année par année, le nombre de trimestres acquis et les salaires ou revenus pris en compte pour votre future pension.

Certaines périodes peuvent ne pas apparaître immédiatement, notamment si votre arrêt a été indemnisé récemment ou s’il dépend d’un organisme spécifique, comme une caisse complémentaire par exemple.

Bon à savoir : Dans ce cas, vous pouvez faire une demande de régularisation en fournissant les justificatifs nécessaires (arrêt de travail, bulletins d’indemnité journalière etc.).

Ce bilan est essentiel car il vous offre une visibilité sur vos droits afin d’éviter les mauvaises surprises : report de votre départ à taux plein, baisse de pension, trimestres manquants… il est recommandé de consulter son RIS dès 35 ans et après tout événement important de votre vie professionnelle, comme un arrêt long. Il vous permettra d’anticiper vos besoins et préparer sereinement votre retraite, même après une période de pause forcée¹⁰.

Comment combler les trous dans sa carrière ?

Si votre arrêt maladie a laissé des périodes sans cotisations suffisantes, vous avez la possibilité de racheter certains trimestres manquants, sous certaines conditions.

Ce rachat est appelé versement pour la retraite. Il est proposé à toute personne ayant des « trous » dans sa carrière, que ce soit pour des études supérieures, des périodes incomplètes ou des années insuffisamment cotisées.

Le coût du rachat dépend de plusieurs critères : l’âge, les revenus et le régime d’affiliation et pour chacune de ces situations, le coût d’un trimestre varie de 1 055 € à 6 015 € en 2024¹¹. Racheter des trimestres peut permettre de partir plus tôt à la retraite ou d’atteindre le taux plein plus facilement, et donc de percevoir une pension plus élevée.

Le saviez-vous ? Pour un rachat plus avantageux, il est important de comparer le coût de cette opération avec le gain potentiel sur votre pension.

Reprise allégée, changement de cap ou inaptitude : quels effets sur votre retraite ?

À la fin de votre arrêt maladie et une fois les soins terminés, la question de la reprise n’est pas toujours abordée facilement. Pour certains, c’est le moment d’envisager une reprise progressive, grâce à des dispositifs comme le temps partiel thérapeutique. Il est mis en place par prescription médicale et permet au salarié de reprendre son poste en douceur, notamment avec des horaires allégés. Il ne s’agit pas d’un nouveau contrat de travail, mais d’un aménagement temporaire de l’existant.

D’autres personnes, après cette épreuve compliquée, peuvent être reconnues comme inaptes à reprendre leur poste, notamment lorsque le métier est physique. Cette inaptitude prononcée par le médecin du travail peut déboucher sur un reclassement professionnel ou dans les cas les plus compliqués, à un licenciement.

À partir de 26 ans, l’inaptitude peut ouvrir la voie à une mise à la retraite pour ces raisons, sans décote, même si tous les trimestres n’ont pas été validés¹².

Ce dispositif constitue une protection sociale importante pour ceux qui ne peuvent plus exercer d’activité professionnelle pour des raisons médicales. Il ne faut pas confondre l’inaptitude avec l’invalidité : l’une est évaluée par la médecine du travail, l’autre par la Sécurité sociale.

> Quelle retraite quand on a travaillé à temps partiel ?

En outre, l’arrêt de travail peut être vécu comme une épreuve de vie et peut devenir le déclencheur d’un projet de reconversion, d’une réorientation vers un nouveau métier plus adapté à ses nouvelles capacités, voire d’un changement de rythme de vie.

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(1) ALD-TRAVAIL.FR, « Arrêt maladie de longue durée dans le privé : droits et démarches », 2025 
(2) AMELI.FR « Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié », 2025 
(3) SERVICE-PUBLIC.FR, « Le congé de longue maladie (CLM) », 2020 
(4) AMELI.FR, « L’entrée en Affection Longue Durée (ALD) : ce qu’il faut savoir » 2025 
(5) SERVICE-PUBLIC.FR, « Arrêt maladie : reprise du travail du salarié », 2024 
(6) PENSION DE REVERSION, « Retraite : comment valider les trimestres de votre dernière année de travail ? », 2025 
(7) AGIR-ARCCO, « Chômage et points de retraite complémentaire », 2016 
(8) DEMARCHES ADMINISTRATIVES.FR, « Les arrêts maladie ont-ils un impact sur l’âge de départ à la retraite ? » 
(9) SERVICE PUBLIC.FR, « Retraite complémentaire dans le privé : Agir-Arrco », 2025 
(10) L’ASSURANCE RETRAITE, « Consulter ma carrière », 2024 
(11) L’ASSURANCE RETRAITE, « Le rachat de trimestres », 2024 
(12) AGIR-ARCCO, « Prétendre à une retraite pour inaptitude au travail : quelles conditions ? », 2024